2000年9月，根据云政发（2000）165号文件精神，省财政出资5000万元成立“云南省融资担保有限责任公司”，并于2001年被国家经贸委列入全国第二批“中小企业信用担保体系试点范围”，成为我省成立时间最早的专业担保公司。2002年5月，公司经省财政厅云财企（2002）58号文件批准进行重组，成立“云南省投融资担保有限公司”，注册资本金增加至1.6亿元（股东分别为：云南云电控股（集团）有限公司出资7400万元、云南省国有资产经营有限责任公司出资7000万元、云南云电阳光房地产股份有限公司出资1600万元）。2004年12月，云南铜业（集团）有限公司入股2000万元，将公司的注册资本增至1.8亿元。2009年10月，楚雄州财政局出资2000万元，公司注册资本金达到2亿元人民币。2012年7月，云南省城市建设投资集团有限公司以8496.66万元的价格受让了云南云电财金管理有限公司持有的公司37.24%的股份，成为公司在册股东。2013年6月，楚雄州财政局将持有的公司9.41%的股权无偿划拨给楚雄州开发投资有限公司持有,楚雄州开发投资有限公司成为在册股东。2017年，云南省工业投资控股集团有限责任公司开始对公司股权进行整合，分别于2017年12月受让了云南铜业（集团）有限公司所持的10.07%股权，2018年2月受让了云南省城市建设投资集团有限公司所持的37.24%股权。